Sefydlwyd Cymdeithas Hanes yr Eglwys Fethodistaidd yng Nghymru yn 1946. Yn yr un flwyddyn cyhoeddodd y Gymdeithas y gyfrol gyntaf o gylchgrawn newydd dan y teitl Bathafarn. Mae’r teitl yn cyfeirio at enw cartref Edward Jones, gerllaw Rhuthun. Chwaraeodd Edward Jones rôl ganolog fel cenhadwr ymysg y Cymry Cymraeg ar ddiwedd y 18fed a dechrau’r 19eg ganrif. Cyhoeddwyd 32 o gyfrolau o Bathafarn rhwng 1946 a 2003. Mae’r cyfrolau yn cynnwys llawer o erthyglau pwysig am hanes Methodistiaeth yng Nghymru. Er i’r hanesydd A. H. Williams geisio sicrhau bod y cylchgrawn yn cofnodi hanes Methodistiaeth yn y ddwy iaith mae’r rhan fwyaf o’r erthyglau wedi trin y gwaith Cymraeg a wedi’u hysgrifennu yn y Gymraeg. Mae’r cyfrolau i gyd wedi’u digido gan y Llyfrgell Genedlaethol fel rhan o’r cynllun ‘Cylchgronau Cymru Ar-lein’. Maent ar gael ar wefan y Llyfrgell yn ddi-dâl http://cylchgronaucymru.llgc.org.uk Yn 2011 lansiodd y Gymdeithas gyhoeddiad hanesyddol newydd gyda’r teitl Bathafarn Bach. Mae’r rhifynnau i gyd ar gael ar wefan Synod Cymru.
O 1947 ymlaen trefnodd y Gymdeithas gyfres o ddarlithiau hanesyddol a drafodwyd yn ystod y Gymanfa ac ar ôl 1974 yn ystod Synod y Gwanwyn. Cyhoeddwyd y rhan fwyaf o’r darlithiau wedyn yn Bathafarn.
Pwyllgor Hanes y Synod sy’n gyfrifol am drefnu geithgareddau’r Gymdeithas. Erbyn heddiw mae pob aelod o Synod Cymru yn aelod di-dâl o’r Gymdeithas Hanes ac yn derbyn pob rhifyn o Bathafarn Bach gyda’r Gwyliedydd. Yn ddiweddar mae’r Gymdeithas wedi dechrau ‘pererindod’ blynyddol i ymweld â safleoedd ac ardaloedd sy’n bwysig yn ein hanes.